Durante 1974 y 1978, Müller integró el directorio de Ford, el órgano máximo de administración y decisión de la automotriz. En ese momento, el presidente de la empresa era Juan Courard, pero Müller era su número dos y quedaba a cargo cuando él estaba de licencia. Según la investigación que llevó adelante la justicia de San Martín, en 1976 Courard se tomó licencia tres veces y en esos períodos en los que Müller estuvo al frente de la empresa se produjeron los 24 secuestros.

En 2018, el Tribunal Oral Federal (TOF) 1 de San Martín condenó a Pedro Müller a diez años de prisión y en septiembre de 2021 la Cámara Federal de Casación confirmó la condena de él -con los votos a favor de los jueces Alejandro Slokar y Carlos Mahiques- , del exmilitar Santiago Omar Riveros y del jefe de seguridad de la planta de General Pacheco, Héctor Francisco Jesús Sibilla. La causa está en la Corte Suprema de Justicia desde entonces.

En el juicio se probó además la utilización de listados, información y fotografías que únicamente tenía en su poder la empresa, así como de vehículos (el Ford Falcon) e instalaciones clave.

«La firma y sus altos directivos no sólo conocían y colaboraban con las fuerzas ejecutoras del terrorismo estatal, sino que realizaron un aporte activo, directo y coordinado con el propósito de lograr una política de disciplinamiento que favoreciera los niveles de producción», escribió Slokar en su voto y señaló que la represión se dirigió principalmente hacia trabajadores que mantenían reclamos contra la empresa.

Y agregó: «En ese orden, indicaron las víctimas que pusieron a disposición un sector donde funcionó el centro clandestino de detención dentro de la propia planta y facilitaron insumos, espacios y camionetas de la misma empresa para el traslado de las víctimas –atadas y encapuchadas– desde sus domicilios hacia sus instalaciones u otros centros de detención, además de suministrar unidades sin patentamiento y documentación pertinente de los vehículos automotores modelo Falcon de la marca, ícono en el accionar represivo clandestino de la última dictadura cívico-militar”.